초등학교 1일 급식단가 최고 2.4배(최저 1460원-최고 3500원) 차이 난다는 지적이 제기된 가운데, 고등학교에서도 1일 급식단가 2.1배차이가 나는 것으로 나타났다.
서울시의회 교육문화위원회 양창호 의원(한나라당, 영등포구3)은 서울시 교육청 행정사무감사에서 서울지역 내 고등학교의 급식단가를 비교한 결과 고등학교의 급식단가도 최고 2배 이상의 차이가 발생하고 있다고 밝혔다.

양 시의원은 『서울시 관내 고등학교의 1일 급식단가는 서울과학고(영재고)가 4415원으로 최고 높았으며, 한국삼육고등학교는 2100원으로 2배 이상의 차이가 난다』고 지적했다.
일반고의 대부분의 1일 급식단가가 2500원~3000원 사이인데 비하여 특목고인 서울과학고 4415원, 세종과학고 4000원, 서울국제고 4000원, 한성과학고 3700원, 서울외고 3500원, 이회여고 3500원 등으로 나타나 특목고의 급식비가 일반고에 비하여 비싼 것으로 드러났다.

이에 대해 서울시 교육청은 답변을 통해 『각 학교별 급식단가 차이로 인해 급식의 질 차이가 안 난다고는 할 수 없지만 급식인원의 차이에 따른 급식단가의 차이가 반영되어 있다』고 답변했다.
그러나 양 시의원은 『특목고 중에서도 급식인원이 1000여명 이상인 학교에서도 학교의 급식비를 일반고에 비해 비싸게 징수하고 있다』며 『서울시 관내 학교 간의 급식의 질 차이가 발생하지 않도록 서울시교육청이 섬세한 조사와 세밀한 대책을 세워 달라』고 주문했다.